e-Taxで確定申告するやり方｜個人事業主の手順と注意点
公開日: 2026/6/7
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重要な前提：本記事の手続き・料金・税制は 2026年6月7日時点 で確認した目安です。制度改正・運用変更・価格改定により内容が変わることがあります。手続きの前に国税庁・e-Taxおよび各公式サイトの最新情報をご確認ください。 個別の税務判断については、税理士など有資格者へのご相談をおすすめします。
「会計ソフトで申告書はできたが、e-Taxでどう提出すればいいか分からない」——個人事業主がe-Taxでの確定申告でつまずきやすいのがこの最後の提出工程です。本記事は、e-Taxで確定申告するやり方に絞り、利用方式の選び方（マイナンバーカード方式／ID・パスワード方式）、65万円控除に電子申告が要件である理由、そして会計ソフトからe-Taxへ送信する流れを整理します。誇大な表現は避け、出典と条件を併記します。
確定申告全体の流れや青色申告の要件は、確定申告のやり方 初めてのフリーランス完全ガイドと青色申告のやり方で詳しく扱っています。本記事は重複を避け、e-Taxでの電子申告の手順に集中します。
まず結論：e-Taxは「方式選び」と「会計ソフト連携」が要点
細かい手順の前に全体像を示します。一般的な目安であり、最終判断はご自身の状況と最新の公式情報で行ってください。
- e-Taxの利用方式は主に2つ：マイナンバーカード方式と、ID・パスワード方式
- これから新規に始める個人事業主：ID・パスワード方式は令和7年（2025年）10月1日から新規発行が停止されているため、マイナンバーカード方式を前提に準備する流れになりやすい
- 65万円控除を狙うなら：複式簿記・期限内提出に加え、e-Taxでの電子申告（または優良な電子帳簿保存）が要件の一つ
- 提出はソフト完結が進めやすい：主要なクラウド会計ソフトは申告書をe-Taxへ電子送信する機能を持つことが多い
以下で、根拠となる手順を見ていきます。
一次情報（実際の画面）：e-Taxの手続きは公式サイトの最新情報を確認して進めてください。
出典：国税庁 e-Tax（https://www.e-tax.nta.go.jp/ ）を基に画面の一部をキャプチャ（2026年6月8日確認）。手続きの詳細・最新はe-Tax公式サイトでご確認ください。
e-Taxの2つの利用方式を理解する
個人がe-Taxを利用する主な方法は、マイナンバーカード方式とID・パスワード方式の2つです。どちらを使うかで事前準備が変わるため、最初にここを押さえます（2026年6月時点・国税庁／e-Tax）。
| 項目 | マイナンバーカード方式 | ID・パスワード方式 |
|---|---|---|
| 本人確認 | マイナンバーカードで電子的に確認 | 税務署で発行された利用者識別番号とパスワード |
| 必要なもの | マイナンバーカード＋対応スマホ または ICカードリーダー | 利用者識別番号・パスワード（事前に税務署で取得） |
| 新規利用の可否 | 利用可能 | 令和7年（2025年）10月1日から新規発行が停止 |
| 位置づけ | 標準的な方式 | 暫定的な対応とされる |
| 向いている人 | これから新規に始める人・継続利用する人 | すでに届出済みで番号・パスワードを保有している人 |
※取り扱いは変わり得ます。最新はe-Tax（国税庁）でご確認ください（2026年6月時点・最新は公式で要確認）。
マイナンバーカード方式
マイナンバーカードと、それを読み取る環境（マイナンバーカード読み取り対応のスマートフォン、またはパソコン＋ICカードリーダー）を使ってログイン・本人確認を行う方式です。これから新規にe-Taxを利用する個人事業主は、この方式を前提に準備する流れになりやすい傾向です。マイナンバーカードの取得には申請から交付まで時間がかかる場合があるため、申告期限に間に合うよう早めの準備が安心です。
ID・パスワード方式（新規発行は停止）
ID・パスワード方式は、税務署で発行された利用者識別番号とパスワードでログインする方式で、マイナンバーカードがなくても使えるのが特徴でした。ただしこの方式は暫定的な対応と位置づけられており、令和7年（2025年）10月1日から新規の発行が停止されています。すでにID・パスワード方式の届出を済ませ番号・パスワードの交付を受けている方は、引き続き利用できるとされています。これから始める方は新規発行ができないため、マイナンバーカード方式を選ぶことになりやすい点に注意してください（2026年6月時点・最新は国税庁・e-Taxで要確認）。
なぜe-Taxが65万円控除の要件になるのか
「青色申告なら自動で65万円」ではありません。65万円控除を受けるには、次のすべてを満たす必要があります（国税庁No.2072／令和7年4月1日現在法令等）。
- 複式簿記で記帳していること
- 貸借対照表・損益計算書を添付し期限内に提出すること
- e-Taxによる電子申告、または優良な電子帳簿の保存を行うこと
つまり、複式簿記と期限内提出を満たしても、e-Taxでの電子申告も優良な電子帳簿保存もしない場合（＝書面提出など）は、控除額が55万円にとどまります。多くの個人事業主にとっては、優良な電子帳簿保存（事前の届出や一定のシステム要件が絡みます）より、申告時にe-Taxで電子送信する方が準備の負担が小さい傾向です。控除要件の詳しい整理は青色申告のやり方をご覧ください。
令和8年度税制改正大綱では、令和9年（2027年）分以降に向けて控除区分（75万円・65万円・10万円など）を見直す方向が示されていますが、これは大綱段階で未施行の見込みであり、大綱では最大75万円の枠（要件あり）が示されていますが、改正法の成立前（未施行）で最終的な要件・適用は要確認です。適用年の確定内容は国税庁の公表資料でご確認ください（2026年6月時点・最新は公式で要確認）。
e-Taxで提出する3つのルート
申告書のデータができたあと、e-Taxへ送信する経路は主に次の3つです。どれでも電子申告として65万円控除の要件（電子申告）を満たす手段になり得ますが、操作性や事前準備が異なります。
| ルート | 概要 | 向いている人 |
|---|---|---|
| 会計ソフトから直接送信 | ソフト内で作成した申告書・決算書をe-Taxへ電子送信 | 記帳から提出まで一つの画面で完結させたい人 |
| 確定申告書等作成コーナー | 国税庁のWebサービスで入力し、そのままe-Tax送信 | ソフトを使わず自分で入力する人 |
| e-Taxソフト（Web版等） | 国税庁のe-Tax専用ソフトから送信 | 各種申請・届出も含めて使いたい人 |
このうち個人事業主が会計ソフトで記帳している場合は、会計ソフトから直接送信するルートが手戻りが少なく進めやすい傾向です。
会計ソフトからe-Taxへ送信する流れ （広告・PR）
複式簿記の帳簿づくりから青色申告決算書の作成、そしてe-Taxへの電子送信までを一つの流れで進められるのがクラウド会計ソフトの利点です。銀行口座やカードを連携して明細を自動取り込みし、仕訳候補を作るため記帳の負担を軽減しやすく、決算書も自動で形になります。そのうえで、多くのソフトが作成した申告書をe-Taxへ電子送信する機能を備えています（対応範囲・手順はソフトやプランで異なります）。
会計ソフトからe-Taxへ送信する一般的な流れは次のとおりです（ソフトにより画面・名称は異なります）。
- 記帳・決算：1年分の取引を入力し、青色申告決算書・確定申告書のデータを完成させる
- e-Tax連携の設定：利用者識別番号など必要情報をソフトに登録する
- 本人確認：マイナンバーカード方式の場合、ソフトの案内に従いマイナンバーカードを読み取って本人確認する
- 送信：内容を確認し、ソフトからe-Taxへ電子送信する
- 受信通知の確認：送信後にe-Taxの受信通知（受付結果）を確認する
主要ソフトはいずれも入門プランから青色申告（複式簿記・e-Tax）に対応し、65万円控除の要件（ソフト側）を満たせます。入門と上位プランの主な差は「青色か白色か」ではなく、消費税申告（インボイス対応）機能の有無である点は誤解しやすいので押さえておきましょう。
- freee会計（広告・PR）：質問に答える形で進められ、簿記が不安な人の候補になりやすい。入門プラン（スターター）でも青色申告・e-Taxに対応し、消費税申告（インボイスに対応した消費税の計算・申告書作成）はスタンダードプラン以上が対象とされています（2026年6月時点・最新はfreee公式で要確認） → freee会計の公式サイトを見るPR（広告）
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どちらが自分に合うか迷う場合は、freeeとマネーフォワードの比較や会計ソフトの比較記事、会計ソフト診断もご利用ください。e-Tax連携の具体的な対応範囲・手順・必要環境はソフトやプランで異なるため、利用前に各ソフトの最新ヘルプでご確認ください（2026年6月時点・最新は各公式で要確認）。
e-Taxで申告する前の準備チェック
提出当日に慌てないよう、事前にそろえておきたいものを整理します（マイナンバーカード方式を想定）。
- マイナンバーカード：取得済みか。未取得なら交付まで時間がかかる場合があるため早めに申請
- 読み取り環境：マイナンバーカード読み取り対応スマホ、またはパソコン＋ICカードリーダー
- 暗証番号：マイナンバーカードの利用者証明用・署名用の各暗証番号（一定回数間違えるとロックされる場合があるため確認）
- 申告書データ：会計ソフト等で作成済みの確定申告書・青色申告決算書
- 各種控除の証明書類：社会保険料・生命保険料の控除証明書、医療費の明細など（状況により増減。データ提出に対応する控除もあります）
必要な書類や環境はご自身の状況で異なります。なお、計上できる経費の範囲を確認したい場合はフリーランスの経費一覧も参考になります。
e-Taxでつまずきやすいポイント
- マイナンバーカードの準備が間に合わない：交付まで時間がかかる場合があるため、新規取得は申告期限から逆算して早めに。
- ID・パスワード方式を新規に取ろうとする：令和7年10月1日から新規発行が停止。これから始める方はマイナンバーカード方式が前提になりやすい。
- 暗証番号のロック：マイナンバーカードの暗証番号を一定回数間違えるとロックされ、解除手続きが必要になる場合があります。
- 書面提出にして控除が下がる：65万円を狙うのに最後だけ書面で出すと、他要件を満たしても55万円にとどまります。
- 送信後の確認漏れ：送信しただけで安心せず、e-Taxの受信通知（受付結果）まで確認する運用が安心です。
- 消費税・インボイスの判断：所得税の申告とは別論点です。迷う場合はインボイス登録を判断するポイントを参考にしてください。
会計ソフトの操作面の不安が大きい場合は、freeeの評判やデメリットを整理したfreeeの評判・デメリットもあわせてご覧ください。
まとめ：方式を決め、ソフトから送信する
e-Taxで確定申告するやり方は、利用方式を決める→必要環境を準備する→会計ソフト等から電子送信するという流れで考えると見通しが立てやすくなります。これから新規に始める個人事業主は、ID・パスワード方式の新規発行が停止されているため、マイナンバーカード方式を前提に準備するのが基本になりやすい状況です。65万円控除を狙うなら、複式簿記・期限内提出に加え、e-Taxでの電子申告を要件の一つとして押さえておきましょう。
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- 拡張性・連携を重視したい → マネーフォワード クラウド確定申告 マネーフォワード クラウド会計・確定申告の公式サイトを見るPR（広告・PR）
手続き・運用・税制は変動します。手続きの前に国税庁・e-Taxと各公式サイトの最新情報をご確認ください。 令和8年度税制改正大綱の控除区分見直しは未施行の見込みで、大綱では最大75万円の枠が示されていますが、改正法の成立前（未施行）です。当サイトは情報提供のみを行い、申告書類の作成代行は行いません。個別の税務判断は税理士など有資格者にご相談ください。
あわせて読みたい
- 確定申告のやり方 初めてのフリーランス完全ガイド
- 青色申告のやり方
- freee・マネーフォワード・弥生 会計ソフト比較ガイド
- freeeとマネーフォワードの比較
- インボイス登録をするか判断するポイント
出典・参考（2026年6月7日確認）
- e-Tax（国税電子申告・納税システム）：https://www.e-tax.nta.go.jp/
- ID・パスワードの新規発行停止について（国税庁・e-Tax）：https://www.e-tax.nta.go.jp/topics/2025/topics_20250925.htm
- ID・パスワード方式とは何ですか（国税庁・e-Tax FAQ）：https://www.e-tax.nta.go.jp/toiawase/qa/kanbenka/12.htm
- No.2072 青色申告特別控除（国税庁・令和7年4月1日現在法令等）：https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/2072.htm
- 確定申告書等作成コーナー（国税庁）：https://www.keisan.nta.go.jp/kyoutu/ky/sm/top
- freee会計 個人事業主向け料金プラン（freee公式）：https://www.freee.co.jp/accounting/individual/pricing/
- マネーフォワード クラウド確定申告 料金（マネーフォワード公式）：https://biz.moneyforward.com/tax_return/price/
- 令和8年度税制改正大綱に基づく解説（青色申告特別控除の見直し・未施行）：https://www.yamada-partners.jp/reform/r8/k08-revision-of-special-deduction-for-blue-tax-returns
本記事は情報提供を目的としており、税務・法務上の助言を構成するものではありません。記載の手続き・料金・制度・控除額・税制改正は2026年6月7日時点の情報で、最新は各公式・国税庁・e-Taxでご確認ください。ID・パスワード方式の新規発行停止やマイナンバーカード方式の取り扱いは変わり得ます。令和8年度税制改正大綱の内容は未施行の見込みで、大綱では最大75万円の控除枠が示されていますが、改正法の成立前（未施行）です。最終的な判断は最新の公式情報および有資格者への相談にもとづいて行ってください。